Dès son plus jeune âge, Huub Rothengatter rêve de devenir pilote de course. N'ayant pas fait beaucoup d'études, il accepte les emplois les plus divers pour gagner sa vie et emprunte de l'argent pour pouvoir courir en karting.
En 1976, il parvient tout de même à participer à des courses de Formule 3 en Allemagne, au volant d'une March 763, et remporte une course à Hockenheim. L'année suivante, il participe également au championnat européen. Il remporte une course à Zolder, comptant pour le championnat allemand. En 1978, il est le coéquipier de Jan Lammers et d'Arie Luyendijk au sein du Racing Team Holland, toujours en F3. En 1979, il passe en Formule 2 européenne, au volant d'une Chevron B48. En 1980, il participe au championnat de Formule Atlantic de Nouvelle-Zélande et se classe cinquième, avec trois podiums. Il remporte également une course sur le circuit de Zolder en Formule 2.
En 1981, il participe à un programme limité en Formule 2 et termine deuxième du Grand Prix de Méditerranée à Enna-Pergusa. Sans volant en 1982, on le revoit en 1983 lors des 1 000 km de Spa-Francorchamps, au volant d'une Porsche 956 du Kremer Racing, mais il ne prend pas le départ à la suite d'un accident.
En F1 avec Spirit
Alors que sa carrière est au plus bas, il accède à la Formule 1 en 1984. Grâce à Marlboro et à quelques sponsors hollandais, il est engagé par Spirit pour remplacer Mauro Baldi à partir du Grand Prix du Canada. Cependant, la Spirit n'est pas très performante et Huub termine son premier Grand Prix non classé, à 14 tours du vainqueur. Après une non-qualification à Détroit et un abandon à Dallas, il parvient à se classer neuvième en Allemagne. Il est ensuite de nouveau non classé en Autriche, puis abandonne aux Pays-Bas. Il réalise sa meilleure performance en Italie en terminant huitième. Il se retrouve ensuite sans volant pour les dernières courses de l'année, à la suite du retour de Baldi.
Osella
En 1985, il retrouve un volant en Formule 1 en cours de saison chez Osella, où il remplace Piercarlo Ghinzani. Cependant, tout comme Spirit, Osella est loin d'être une équipe de premier plan et il ne sera classé qu'à deux reprises sur les huit courses auxquelles il participera. Il réalise néanmoins sa meilleure performance en F1 avec une septième place lors du dernier Grand Prix de la saison, en Australie.
Zakspeed
Début 1986, il se retrouve de nouveau sans volant, mais est engagé par l'équipe allemande Zakspeed, qui engage une deuxième voiture à partir du Grand Prix de Saint-Marin. Malheureusement, la monoplace allemande n'est pas performante et manque cruellement de fiabilité. Lors de son premier Grand Prix avec la Zakspeed 861, il abandonne en début de course, à cause d'un turbo cassé. Après une non-qualification à Monaco et un abandon en Belgique, il franchit la ligne d'arrivée pour la première et dernière fois, en se classant douzième. En effet, le Néerlandais ne verra pas le drapeau à damier lors des six Grands Prix suivants. Il est cependant classé huitième en Autriche, après une panne d'essence dans le dernier tour.
L'après-F1
Il raccroche son casque à l'issue de cette saison désastreuse et travaille pour l'équipe Jordan en tant que responsable des relations publiques de Philips. Au début des années 1990, il prend en charge la carrière de Jos Verstappen. Il joue un rôle central dans l'accession de ce dernier à la catégorie reine, parvenant notamment à négocier un contrat de pilote d'essai, puis de titulaire, chez Benetton pour la saison 1994.
.