Avant de connaître ses heures de gloire en voitures de tourisme dans son pays natal, Emanuele Naspetti courut épisodiquement en Formule 1.

Né à Ancona, Emanuele débute sa carrière en karting dès 1980, il y reste de nombreuses années avant de passer aux monoplaces, à savoir la Formule 3 en 1987. Il court pour l'équipe Forti Corse et termine dixième pour sa première année. Mais la saison 1988 est bien plus fructueuse pour le jeune italien qui s'impose à trois reprises et décroche la couronne italienne de F3 en fin d'année devant Mauro Martini.

Fort de cette consécration, Emanuele passe à la vitesse supérieure, la Formule 3000 au sein de l'équipe Roni Motorsport. Il se classe cinquième à Rome, mais c'est là sa seule course intéressante, le reste de la saison il est surclassé. Eddie Jordan le prend dans son équipe, mais la situation ne s'améliore pas pour autant, faute à une monoplace qui manque de fiabilité. Il ne s'en sort qu'avec un unique point arraché à Birmingham. Mais en 1991, la situation change radicalement. Disposant d'un moteur plus efficace, au sein de l'équipe Forti Corse, Emanuele va s'imposer quatre fois consécutivement après un départ mitigé. Mais tandis que Zanardi et Fittipaldi sont plus régulier, Emanuele ne doit son classement, troisième que grâce à ses victoires.

En 1992, il rempile pour une année supplémentaire dans la F3000, avec l'espoir de pouvoir décrocher la consécration. La saison débute plutôt bien, avec une victoire à Pau et une seconde place à Enna-Pergusa, il est en tête du championnat à l'issue de cette épreuve ex aequo avec Rubens Barrichello. En milieu d'année, l'équipe March doit se séparer de Paul Belmondo, qui n'apporte plus l'argent nécessaire pour justifier sa place dans l'équipe. Emanuele saisit alors cette occasion et termine l'année en F1 aux côtés de Karl Wendlinger. Pour ses débuts à Spa, le pilote italien soutient la cadence de l'autrichien. Mais au volant d'une piètre voiture qu'est la March, il n'y a pas de miracles, Emanuele ne peut faire mieux que onzième à Estoril.

En 1993, il n'est pas choisi pour être pilote titulaire, ce qui lui déplait fortement. Néanmoins, Eddie Jordan lui permettra de disputer le Grand Prix du Portugal en fin d'année en gage des efforts qu'il a fourni en tant que pilote essayeur. Emanuele abandonne la F1 par la même occasion. Entre-temps il a disputé quatre courses de Formule Nippon, mais sans bons résultats.

C'est dans le championnat italien de voitures de tourisme qu'il va poursuivre sa carrière et ainsi débute probablement sa meilleure période. Après des débuts délicats en 1994, il réalise une saison 1995 honorable, même s'il ne remporte aucune victoire, ses nombreuses places d'honneur lui permettent de se classer neuvième et de conserver de bons espoirs pour l'avenir. Et effectivement, l'année 1996 s'annonce comme un bon cru, il décroche six victoires dans l'année, dont quatre pour le seul tracé d'Enna-Pergusa. Le titre semble tout acquis pour Naspetti jusqu'à la dernière épreuve à Vallelunga, où le pilote est sanctionné d'un Stop&Go pour une pénalité douteuse, le titre échoue finalement à Capello.

Mais l'année suivante, Emanuele prend une revanche fracassante avec un total de dix-huit podiums, dont dix victoires en vingt courses ! Le titre lui revient en toute logique. En 1998, le pilote s'impose à cinq reprises, mais doit céder son titre à Giovanardi, qui le conservera en 1999, tandis qu'Emanuele termine encore vice-champion avec quatre victoires.

En 2000, il quitte le championnat italien pour le championnat européen de la discipline, tout en restant fidèle à la marque BMW. Pour cette première saison, il ne parvient pas à s'imposer mais obtient plusieurs places d'honneur et termine la saison en cinquième place au championnat. Il dispute également les 24 heures du Mans avec le team Rafanelli, mais sera contraint à l'abandon.

En 2001, il abandonne les voitures de tourisme et passe en GT, dans le championnat de la FIA sur une Ferrari 550 Maranello en compagnie de son compatriote Domenico Schiatarella. Tous deux terminent au pied du podium à Magny Cours. En 2002, le duo court cette fois en ALMS, se classant troisième dans la catégorie GTS à 4 reprises, en fin d'année, ils se classent septième. La saison 2003 sera un peu moins bonne, et Emanuele revient au championnat FIA GT pour l'année 2004 où son meilleur classement est une quatrième place en ouverture de la saison à Monza.

En 2005, Emanuele Naspetti participe aux 12 heures de Sebring avec l'équipe Panoz Motorsport, mais est contraint à l'abandon. En 2006 il est de retour dans le championnat italien de voitures de tourisme. Il remporte cinq victoires et termine le championnat à la deuxième place. En 2009, il s'engage dans le championnat italien de Porsche Carrera Cup et remporte une victoire sur le circuit d'Adria.