Après un bref et peu concluant passage en Formule 1, Pierre-Henri Raphanel connut une meilleure réussite en GT et en sport-prototypes.

Il fait ses premières armes en karting, puis en Formule Renault, avant de débuter une longue collaboration avec Hugues de Chaunac et l'équipe Oreca. En 1984, il fait ses débuts en Formule 3 et se classe troisième du championnat de France, avant de le remporter l'année suivante. Il remporte également une victoire dans le prestigieux Grand Prix de Monaco de F3 la même année.

La saison 1986 marque le début de trois années de compétition en F3000, durant lesquelles il connaît des fortunes diverses (trois podiums et une pole position en trois ans). Il dispute également les 24 Heures du Mans en 1986 et 1987, au volant d'une Cougar-Porsche, sans grand succès non plus.

A la fin de l'année 1988, marquée par un podium à Silverstone en Formule 3000, il est choisi pour remplacer Aguri Suzuki au sein de l'équipe Lola Larrousse Calmels. Sa seule apparition, à Adélaïde, se solde par une non-qualification.

L'année suivante, il est engagé chez Coloni. Au volant d'une antique FC188B, il échoue à neuf reprises en préqualifications et parvient à amener sa monoplace sur la grille de départ une seule fois, à Monaco, où il décroche une belle dix-huitième position, juste devant la Lotus de Nelson Piquet. Sa course se solde par un abandon, à cause d'une boîte de vitesse cassée. A Montréal, la nouvelle Coloni C3 arrive, mais ne change rien à la descente aux enfers de Pierre-Henri. A Spa, il change d'équipe et passe chez Rial. Mais il échoue à chaque fois en qualifications, se faisant reléguer à plus de dix secondes de la pole position à plusieurs reprises !

Début 1990, il abandonne la Formule 1 pour se consacrer au championnat japonais de GT. Il termine troisième de ce championnat en 1993 et reste au Japon jusqu'en 2000. Entre-temps, il dispute également le championnat BPR en 1995 et 1996 au volant de la célèbre McLaren F1, le championnat FIA-GT en 1997 dans l'équipe Gulf, ainsi que les 24 Heures du Mans à neuf reprises entre 1990 et 2000. Il pilote des voitures telles que la Peugeot 905, la Panoz LMP Roadster ou la McLaren F1, et décroche son meilleur résultat en 1992, avec une deuxième place aux 24 Heures du Mans, puis en 1997, avec une autre deuxième place, toujours aux 24 Heures du Mans, cette fois à bord d'une McLaren BMW F1, en compagnie de Jean-Marc Gounon et Anders Olofsson.

Après sa retraite sportive, Pierre-Henri devient consultant pour Eurosport, puis, en 2005, il est engagé par Bugatti pour devenir le pilote d'essai officiel de la marque. En 2010, il bat le record du monde de vitesse pour une voiture de série avec une vitesse de 431,072 km/h, au volant d'une Veyron Super Sport.