Gary Anderson parti chez Stewart, la 199 est la première Jordan conçue par son successeur Mike Gascoyne. Cette nouvelle voiture ressemble beaucoup à sa devancière. Elle est néanmoins plus légère et son centre de gravité est abaissé du fait du déplacement du réservoir. Les suspensions ont également été retouchées. Mugen-Honda apporte de son côté un nouveau moteur, le MF 301 HD, plus compact et léger. Si sa puissance reste la même, ce bloc se montre plus souple d'utilisation dans les hauts régimes.
Cette machine est la meilleure jamais conçue par Jordan puisqu'elle permet à Heinz-Harald Frentzen de remporter deux courses et de terminer troisième du championnat des conducteurs. Très rapide et relativement fiable, la 199 aurait même pu acquérir d'autres lauriers avec un peu plus de chance. Ainsi au Nürburgring Frentzen est victime d'une panne électronique alors qu'il menait après avoir signé la pole.
En 1999 l'écurie irlandaise prend place parmi les « top teams » et finit troisième au classement des constructeurs, seulement devancée par Ferrari et McLaren.