A ses débuts, on annonçait Jan Magnussen comme un très bon pilote de F1, voire un futur champion du monde pour Jackie Stewart. Quelle terrible désillusion ce fut par la suite.

Jan commence la compétition à l'âge de 11 ans en karting et remporte l'année suivante son premier titre national Minipop. C'est la première d'une longue série de couronnes, en 1986 il remporte le titre Pop 2 national, puis en 1987, il devient champion du monde de karting junior. L'année suivante, il s'impose lors du Grand Prix d'Australie, puis remporte en 1989 un nouveau titre de champion du monde junior, suivi en 1990 d'une triple consécration danoise, scandinave et mondiale en Formule K.

En 1991, il termine vice-champion de Scandinavie et fait ses débuts en monoplace, dans une Formule Ford sur le circuit de Jyllands-Ringen. Ainsi, l'année suivante, malgré l'absence de sponsors, Jan court le championnat de Formule Ford 1600 et termine troisième avec sept victoires, dont une remportée en fin d'année qui est des plus importantes, le festival Formule Ford disputé à Brands Hatch. En 1993, il dispute les championnats britanniques et européens de Formule Vaxhall, et Jan connaîtra des hauts et des bas, avec tout de même quatre victoires.

Cette même année, il fait ses débuts en Formule 3 au sein de l'équipe de Paul Stewart, le fils de Jackie. Il ne dispute que deux courses, mais termine déjà sur un podium, à Thruxton. La saison 1994 sera une saison mémorable pour le pilote danois, qui va littéralement écraser la concurrence dans le championnat, avec quatorze victoires en dix-huit courses ! il termine également sur le podium du Grand Prix de Macao, et est engagé par McLaren-Peugeot comme pilote-essayeur.

Puis en 1995, il est engagé par Mercedes pour disputer le championnat de voitures de tourisme allemand (DTM) et international (ITC) Il remporte une victoire en ITC à Estoril et termine finalement vice-champion. Jan aurait pu viser mieux sans un accident de scooter en juin et qui l'oblige à s'absenter pendant quelques courses. A la fin de l'année, il dispute sa première course de F1 lors du Grand Prix du Pacifique en remplacement de Mika Häkkinen, opéré de l'appendicite. Bien que Jan soit plus spécialisé en monoplace, il doit continuer dans le championnat ITC en 1996. La saison débute bien par une victoire à Hockenheim, avant une série noire de plusieurs abandons pour finalement terminer à la dixième place au championnat. Jan aura néanmoins la chance de piloter en CART, chez Penske pour remplacer Paul Tracy, puis chez Hogan Racing pour remplacer Emerson Fittipaldi. Le châssis Penske n'était pas le meilleur du monde, mais le pilote danois parvint tout de même à se débrouiller.

En 1997, Paul et Jackie Stewart débarquent en Formule 1 et Jan de vient pilote titulaire aux côtés de Rubens Barrichello. Non seulement, il est souvent dépassé par Rubinho, mais la voiture pêche souvent par fiabilité et Jan ne peut terminer mieux que septième à Monaco sous la pluie après l'arrêt de la course à l'issue des deux heures de course. Néanmoins, en Autriche, il se qualifie sixième et tient la quatrième place en course pendant plus d'une vingtaine de tours avant de rétrograder puis d'abandonner. Il parvient ainsi à conserver son baquet pour 1998. La saison commence mal, par des qualifications en fond de grille et des abandons. Il doit subir les critiques au sein de son équipe qui lui reproche son manque de performance. Puis au Canada, il parvient à marquer son premier point en F1.

Mais paradoxalement, après cette belle performance, Jan est remplacé par Jos Verstappen. Le pilote danois ne retrouvera plus jamais de volant en Formule 1. En 1999, il part aux Etats-Unis conduire quelques courses avec l'équipe de Pat Patrick en CART, terminant septième à Vancouver.

Mais c'est surtout en American le Mans Series que Jan va poursuivre sa carrière, avec Panoz Motorsport, et pour sa première saison, parvient à remporter sa première victoire sur le Nürburgring aux côtés de David Brabham et monte sur cinq autres podiums. L'année suivante, il remporte deux nouvelles victoires à Portland, puis à Mid-Ohio. Jan dispute également le championnat danois de voitures de tourisme, sur Peugeot 306 GTI et s'impose à Jyllandsringen deux fois et au Djurslandring. La saison 2002 sera très ressemblante, deux victoires supplémentaires en ALMS, à Sears Point et Washington, et cinq victoires en DTCC. En 2003, il quitte Panoz pour courir sur Riley & Scott, puis sur une Ferrari de l'équipe Prodrive. La saison s'avére décevante, mais compensée par un titre de champion de DTCC avec six victoires et une foule de podiums.

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