Harry Merkel se fait d'abord connaître comme pilote de moto en Allemagne, avant la Seconde Guerre mondiale. Après le conflit, il reprend la compétition dans un pays en reconstruction et se tourne vers les courses de côte et les épreuves de voitures de sport, principalement avec des Porsche, tout en participant ponctuellement à des compétitions locales.
Au début des années 1950, il se consacre davantage au sport automobile et participe à de grandes épreuves routières telles que la Mille Miglia. À cette époque, il se spécialise dans les courses de côte et les épreuves d'endurance, et participe régulièrement aux 1 000 km du Nürburgring dans la catégorie des petites cylindrées. Il étend également son programme à l'international en participant au Tourist Trophy en Irlande.
En 1952, alors que le championnat du monde utilise la réglementation Formule 2, il tente une incursion dans le monde de la monoplace et se rapproche de l'entourage de Willi Krakau et Fritz Riess, qui alignent des BMW et des AFM privées. Il obtient une BMW pour disputer des courses de Formule 2, dont l'Eifelrennen au Nürburgring, qui fait partie du championnat d'Allemagne de F2, et réalise l'une de ses premières apparitions notables en monoplace. La même année, il s'inscrit au Grand Prix d'Allemagne 1952, au Nürburgring, manche du championnat du monde de Formule 1, dans l'une des voitures de l'écurie de Willi Krakau. Il ne parvient toutefois pas à se qualifier et ne prend pas le départ.
Il poursuit ensuite sa carrière en voitures de sport, restant un habitué de la catégorie des petites cylindrées jusqu'au tournant des années 1960. Il continue d'apparaître dans les meetings d'endurance européens, parfois aux côtés d'autres pilotes privés, et devient une figure de l'univers Porsche dans la catégorie 1 500 cm3, endossant même un rôle de gestion ou de soutien d'équipe lors des 1 000 km du Nürburgring. Il met progressivement fin à sa carrière de pilote au début des années 1960, alors que les structures professionnelles prennent le pas sur les initiatives privées, comme la sienne.
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