En F1, Giancarlo Baghetti serait resté un simple anonyme, si ce Grand Prix de France 1961 n'avait jamais existé. Mais ce ne fut pas le cas, et il est entré dans l'histoire.

Giancarlo participe à des courses de voitures de sport à la fin des années 1950. En 1958, il participe à la Formule junior. Remarqué par Enzo Ferrari, la Scuderia le prend sous son aile en 1961. Il termine deuxième des 12 Heures de Sebring, puis remporte les Grands Prix hors championnat de Syracuse et de Naples. Giancarlo fera ses débuts en championnat du monde lors du Grand Prix de France début juillet.

Classé à la douzième place sur la grille de départ, il remonte à la troisième place après l'abandon de Wolfgang von Trips. Après la panne de Phil Hill et l'abandon de Richie Ginther, il se retrouve en tête avec Jo Bonnier et Dan Gurney sur ses talons. Les trois pilotes se sont succédé à la tête de la course durant les dix derniers tours. Le Suédois abandonne à trois tours de la fin, laissant Giancarlo livrer une bataille sans merci avec Gurney. C'est finalement Giancarlo qui franchit la ligne d'arrivée en premier, avec seulement un dixième de seconde d'avance ! Il réalise donc l'exploit de remporter la victoire lors de sa première course en F1. Cette belle performance ne connaîtra pas de suite, si ce n'est qu'il réalise le meilleur tour en course lors du Grand Prix d'Italie, marqué par la mort de Wolfgang Von Trips. En 1962, il marque trois autres points avec Ferrari.

En 1963, Giancarlo pilote pour l'écurie A-T-S, issue de la scission de plusieurs personnes avec Ferrari, mais la voiture n'est pas performante et il se retrouve sans cesse en queue de peloton. En 1964, il est engagé par la Scuderia Centro Sud sur BRM, sans succès. Giancarlo participe aux Grands Prix d'Italie en 1965 sur une Brabham, en 1966 sur une Ferrari et en 1967 avec une Lotus, sans réussir à obtenir de nouvelles performances. En 1966, il termine deuxième de la Targa Florio.

En 1968, il met un terme à sa carrière sportive et devient photographe de presse.