Situé au pied de Fuji-Yama, ce circuit, construit en 1965 et dessiné par Don Nichols et Stirling Moss, comprenait une ligne droite très rapide qui débouchait sur un virage relevée. Il était très rapide car essentiellement composé de courbes.

Après l'accident mortel du pilote japonais Hiroshi Kazato, la ligne droite est raccourcie tout comme le circuit par la même occasion. Il accueille dans cette configuration les épreuves de 1976 et 1977. Le Grand Prix du Japon disparait ensuite, et à son retour en 1987 il s'installe à Suzuka.

En 2000, Toyota achète le circuit et obtient fin 2006 de la FIA le déplacement du GP du Japon à Fuji, en lieu et place de Suzuka, le circuit du rival Honda. La piste a été redessinée par Hermann Tilke, perdant beaucoup de son intérêt. Les longues courbes ont disparu, remplacées par des virages lents accompagnés de grands dégagements en asphalte, selon la tendance actuelle. Deux Grand Prix du Japon ont lieu sur ce nouveau circuit, en 2007 et 2008. Cette année-là la FIA décide de mettre en place un système d'alternance entre Suzuka et Fuji. Cependant, après le Grand Prix de 2009 disputé à Suzuka, Toyota décide de ne plus soutenir l'organisation de la course de Fuji. La F1 a donc déserté à nouveau cette piste.