Bien que sa présence en F1 ait été facilitée par un concours de circonstances, Yuji Ide n'était pas dénué de talent pour le pilotage. Malheureusement, il n'a pas pu démontrer tout son potentiel en F1.

En 2000, il se retrouve dans le championnat All-Japan de Formule 3 avec l'équipe Dome Project, en tant que lieutenant du Français Sébastien Philippe. Les deux pilotes brillent au cours de la saison : le Japonais s'impose à deux reprises à Tsukuba et Suzuka, et termine vice-champion derrière Philippe. En 2001, il dispute les Grands Prix de Corée et de Macao. Mais parmi les meilleurs pilotes de F3, il ne peut faire mieux que septième. En 2002, il se rend en France avec l'équipe Signature Plus. Sa saison est plutôt moyenne par rapport à 2000, mais il réussit tout de même à décrocher une victoire à Croix-en-Ternois. Après avoir terminé deuxième de la première épreuve, il s'impose lors de la deuxième course. Il termine l'année à la septième place du classement du championnat.

Il revient ensuite sur son île natale pour disputer le championnat de Formule Nippon en 2003, l'équivalent de la F3000. Avec l'équipe Cerumo, Yuji réalise une saison convenable, ponctuée de podiums à Mine et sur le circuit de Motegi, et se classe septième au championnat. Il quitte Cerumo pour Impul et les résultats s'améliorent rapidement : il décroche de nombreuses places d'honneur et une victoire à Motegi, ce qui lui permet de se hisser sur le podium final. Enfin, en 2005, il confirme ses belles performances passées : il s'impose à Suzuka et à Mine, et termine vice-champion, derrière Satoshi Motoyama, plus régulier et performant tout au long de l'année.

En F1 avec Super Aguri

Fin 2005, Aguri Suzuki annonce la création de l'écurie Super Aguri F1, soutenue financièrement par Honda. Après avoir évoqué le nom de Kosuke Matsuura, ce sont finalement les 7,5 millions de dollars de Mobilecast qui ont convaincu Suzuki de l'engager.

A Bahreïn et en Malaisie, il casse son moteur dans l'anonymat le plus total. Il se fait remarquer en Australie en calant en plein milieu de la piste lors des essais, puis termine le Grand Prix à la treizième et dernière place. L'arrivée de la Formule 1 en Europe sonne le glas de sa carrière. Lors du Grand Prix de Saint-Marin, il envoie Christijan Albers dans une série de tonneaux au troisième virage. Il est alors remplacé par Franck Montagny pour les Grands Prix suivants, et la FIA lui retire sa super-licence peu après pour raisons de sécurité.

L'après-F1

Après avoir été évincé de la Formule 1, il poursuit sa carrière au Japon, principalement dans les championnats de monoplace et de voitures de tourisme. Dès la seconde moitié de l'année 2006, il reprend la compétition en Formula Nippon avec l'équipe Team Dandelion Racing, puis en Super GT lors de la célèbre course de Suzuka. En 2007, il monte sur le podium de la Formula Nippon à Suzuka, puis enchaîne les engagements en Super GT en tant que pilote régulier pour diverses équipes japonaises.

Il reste actif en Formula Nippon jusqu'en 2010, tout en participant à des courses de Super GT, où il devient une figure connue de la catégorie GT500. À partir de 2008, il court pour Team Kunimitsu et ARTA et obtient des résultats significatifs : deuxième aux 1 000 km de Suzuka en 2008, puis vainqueur de la course d'été à Suzuka en 2010. Si ses résultats en Formula Nippon sont plus modestes, avec seulement quelques points marqués, il s'est illustré par sa régularité en Super GT.

Après 2010, Yuji Ide a continué à se montrer ponctuellement en Super GT, parfois avec des équipes comme Bonds Racing, à Fuji en 2013. Bien qu'il n'ait pas joué les premiers rôles aux côtés des stars du championnat, il est resté impliqué dans la scène nationale japonaise du sport automobile, naviguant entre différentes équipes et courses d'endurance.