Pour la saison 2016, la plus petite écurie du plateau parvient à obtenir un moteur Mercedes à prix réduit grâce à l'engagement de son pilote de réserve, l'Allemand Pascal Wehrlein. Son équipier est l'Indonésien Rio Haryanto.

Pascal Wehrlein tire le mieux qu'il peut de la MRT05, mais les Manor sont souvent placé en fond de grille et terminent loin des points tout comme les Sauber avec lesquelles elle luttent pour la dixième place du championnat constructeur. Pourtant, en Autriche, Wehrlein parvient à se qualifier douzième et surtout à terminer à la dixième place.

A partir du Grand Prix de Belgique, Rio Haryanto, en manque de budget, est remplacé par le Français Esteban Ocon.

Lors du dantesque Grand Prix du Brésil, la Sauber de Felipe Nasr termine à la neuvième place et prend, de ce fait, la pour la dixième place du championnat constructeur à Manor. Pour l'écurie Britannique, c'est 30 millions de dollars qui s'envolent. Fitzpatrick annonce rapidement qu'il recherche un investisseur, voire plutôt un repreneur.

Malgré plusieurs acheteurs potentiels, dont une proposition de rachat menée par Ron Dennis (après son éviction de McLaren), Manor est placée sous redressement judiciaire au début de l'année 2017 avant d'être mise en liquidation le 27 janvier 2017.