Divers changements s'opèrent en 2001 chez Jordan. Tout d'abord, Honda décide de se passer de Mugen et de fournir directement ses moteurs à l'équipe, ainsi qu'elle le fait pour British American Racing. Mais c'est cette dernière qui est servie en priorité par le constructeur japonais. Jordan reçoit ainsi une évolution du V10 utilisée par BAR en 2000 et possédant environ 800 chevaux. De plus Mike Gascoyne a quitté l'équipe et Tim Holloway se charge désormais de la conception. L'EJ11 marque une évolution substantielle par rapport à la médiocre EJ10. Le nez a été retravaillé, apparaissant interminable et pointu. La prise d'air et les pontons ont aussi été revus par Holloway.
Après un bon début de saison au cours duquel Frentzen et Trulli marquent des points lors des cinq premiers Grands Prix, l'EJ11 baisse de rythme au cours du championnat. Excellent en qualifications, le bolide irlando-britannique perd de sa compétitivité en course. Minée par la mésentente entre Eddie Jordan et Frentzen, l'équipe finit par reposer sur les frêles épaules de Jarno Trulli. Au final, Jordan sauve la cinquième place au général et termine devant BAR, envoyant ainsi un important signal à Honda.