Ninian Sanderson fait ses débuts en sport automobile au début des années 1950. Concessionnaire automobile de profession, il se fait rapidement remarquer dans les compétitions de Formule 3, où il pilote une Cooper Mk VI et remporte plusieurs courses en Écosse et au Royaume-Uni.

En 1953, il dispute sa première course internationale, les 12 Heures de Reims, au volant d'une Jaguar C-Type de l'Écurie Ecosse, qu'il termine à la quatrième place. Il participe ensuite aux 1 000 km du Nürburgring, où il se classe dixième. En 1954, il poursuit sa progression en remportant le Zandvoort International avec une Jaguar C-Type.

Ninian a fait ses débuts aux 24 Heures du Mans en 1955, au volant d'une Triumph TR2, qu'il partageait avec Bob Dickson. Ils ont terminé 14^(e) au classement général. L'année suivante, il connaît son plus grand succès en remportant les 24 Heures du Mans avec Ron Flockhart, au volant d'une Jaguar D-Type de l'Écurie Ecosse. Ils ont bouclé 300 tours, devançant l'Aston Martin de Stirling Moss et Peter Collins.

En 1957, il revient au Mans avec une Jaguar D-Type, associé à Jock Lawrence. Ils terminent deuxièmes, derrière leurs coéquipiers Ron Flockhart et Ivor Bueb. Entre 1958 et 1963, il tente à plusieurs reprises de briller au Mans, mais sans succès. En 1963, il termine septième au Mans, mettant ainsi fin à sa carrière après cette édition.