1994 était une énième année de transition pour Ligier, en passe d'être rachetée par Flavio Briatore. La JS39, à peine modifiée, reprit donc du service pour une saison supplémentaire. Bien évidemment, cette monoplace n'était plus capable de viser régulièrement les points, mais sa fiabilité fut tout bonnement exemplaire: Olivier Panis ne connut ainsi qu'un seul abandon, et encore, sur accrochage ! A Hockenheim, la voiture connut la consécration avec les deuxièmes et troisièmes places de Panis et Bernard.