John Watson était un bon pilote capable, à quelques occasions, de transformer une mauvaise place sur la grille de départ en une bonne performance en course.

John grimpe peu à peu les échelons du sport automobile, remportant en 1967, le championnat de Formule libre d'Irlande, pour se retrouver en Formule 2 en 1969. Ses premières saisons avec une Brabham inscrite à titre privé ne se distinguent pas par leur extraordinaire réussite. Il termine dans les cinq premiers lors de trois courses. En 1972, il termine cinquième à Rouen, puis se classe sixième lors de sa première course de Formule 1 (hors championnat) à Brands Hatch, avec une March 721. En 1973, il monte pour la première fois sur un podium en F2, avec une troisième place à Mantorp au volant d'une Chevron.

En F1 avec Brabham

Cette même année, Brabham lui offre la possibilité de débuter dans le championnat du monde de Formule 1. Il ne dispute que deux courses (Grande-Bretagne et États-Unis), se classant en fond de grille et abandonnant à cause de problèmes mécaniques.

En 1974, après un début de saison difficile, il marque son premier point en Formule 1 lors du Grand Prix de Monaco, alors qu'il s'élançait de la 23e place sur la grille de départ. Il se classe ensuite à une belle septième place aux Pays-Bas. En Autriche, il réalise un départ assez bon, puis se retrouve à la 21e place après avoir dû passer par les stands pour changer un pneu. Profitant des abandons et des performances de sa BT44, il parvient à remonter jusqu'à la quatrième place.

Surtees

En 1975, il rejoint l'écurie Surtees, avec laquelle il ne marque aucun point au cours de la saison, sa seule performance étant une cinquième place au Grand Prix de Suisse, épreuve hors championnat. A noter qu'il est engagé par Lotus pour le Grand Prix d'Allemagne, mais abandonne après seulement trois tours.

Penske

Il participe au dernier Grand Prix de la saison 1975 disputé aux Etats-Unis avec l'écurie Penske, qu'il termine à la neuvième place. Il s'engage ensuite avec cette écurie américaine pour la saison 1976.

Après un abandon au Brésil, il se classe cinquième au Grand Prix d'Afrique du Sud. Après une série de cinq courses sans marquer de point, il monte sur son premier podium au Paul-Ricard en terminant troisième. Quinze jours plus tard, il se classe quatrième sur le circuit de Brands Hatch, puis monte sur le podium à la suite de la disqualification du vainqueur, James Hunt. En Autriche, sur l'Österreichring, sa Penske fonctionne parfaitement et, à la surprise générale, il se qualifie en deuxième position, derrière James Hunt. Il prend un meilleur départ que Hunt et vire en tête au premier virage, mais se fait dépasser par Ronnie Peterson lors du troisième tour, puis le repasse dix tours plus tard. Il parvient à conserver sa position et décroche sa première victoire, la seule de la marque Penske en Formule 1. La fin de saison est moins glorieuse et il ne marque qu'un point en terminant sixième aux Etats-Unis.

Retour chez Brabham

Brabham décide de le réintégrer en 1977. Il se place souvent au début de la grille, décrochant la pole position à Monaco. Cependant, la fiabilité de la voiture est problématique et il doit souvent abandonner. Il termine deuxième en France. La saison suivante, John monte trois fois sur le podium et décroche une nouvelle pole position, terminant à la sixième place du championnat.

McLaren

En 1979, il commence à collaborer avec l'écurie McLaren. Dès sa première course, en Argentine, il décroche la troisième place et termine quatrième en Grande-Bretagne. Avec quinze points, il se classe seulement neuvième du championnat. La saison 1980 est encore pire, il ne marque que six points. Il faut attendre l'arrivée de John Barnard et Ron Dennis à la tête de l'écurie pour que John connaisse le succès. Après s'être classé troisième en Espagne et avoir manqué la victoire de justesse en France, il remporte la course de Silverstone, profitant de l'abandon du leader Arnoux à huit tours de la fin.

L'année 1982 est sa meilleure saison. Il termine deuxième au Brésil, puis remporte la victoire en Belgique sur le circuit de Zolder. Puis, aux Etats-Unis, alors qu'il est parti en 17e position, après une interruption au septième tour et une course arrêtée après deux heures, John effectue une belle remontée pour s'imposer. Une deuxième place à Las Vegas à la fin de la saison lui permet de se retrouver troisième au championnat, à égalité de points avec Didier Pironi, et à cinq points de Keke Rosberg.

En 1983, John commence bien la saison : lors de sa deuxième course, il réalise la plus grande remontée de l'histoire de la Formule 1 (Indy 500 exclu). Alors qu'il part de la 22e position sur la grille, il remonte un à un ses concurrents et remporte la victoire. Il termine troisième à deux reprises et se classe sixième à l'issue de la saison.

Pour la saison suivante, il est remplacé par Alain Prost et se retrouve sans volant. Il tente un retour en 1985 avec Toleman, mais l'écurie déclare forfait. Il court néanmoins son dernier Grand Prix avec McLaren, en remplaçant Niki Lauda (blessé au poignet) lors du Grand Prix d'Europe 1985. Qualifié vingt-et-unième, il termine septième.

L'après-F1

John poursuit sa carrière dans les voitures de sport à partir de 1984, remportant sa première victoire de la catégorie au Japon avec Porsche. En 1987, il dispute le championnat du monde avec Jaguar, remportant trois victoires à Jarama, Monza et Fuji et terminant vice-champion du monde derrière Raul Boesel. Il dispute encore d'autres courses jusqu'en 1990. Cette année-là, il est le premier pilote à tester la première Jordan de Formule 1, avant de mettre fin à sa carrière.

Il va ensuite travailler comme commentateur à la télévision, et dirigé une école de course à Silverstone.