Jean Kerguen commence sa carrière en compétition automobile dans les années 1950, se spécialisant principalement dans les épreuves d'endurance en grand tourisme et voitures de sport.

En 1957, il participe pour la première fois aux 24 Heures du Mans, au volant d'une Aston Martin DB3S qu'il partage avec Jean-Paul Colas. Le duo termine l'épreuve à la onzième place du classement général et remporte la victoire dans sa catégorie.

En 1958, il participe à nouveau aux 24 Heures du Mans aux côtés de Jacques Dewez sur une Porsche 550A RS, et se classe dixième au classement général et troisième de sa catégorie. Ses deux participations suivantes, toujours sur une Porsche mais avec Robert La Caze, se soldent par des abandons dus à des problèmes mécaniques. Durant cette période, il participe également au Tour de France automobile et à diverses courses nationales sur le circuit de Montlhéry.

Pour les trois éditions suivantes des 24 Heures du Mans, il dispute la course à bord d'une Aston Martin avec Jacques Dewez, mais l'équipage ne parvient pas à terminer l'épreuve.

En 1964, il s'associe à nouveau à Jacques Dewez, mais sur une Porsche, et classe sa voiture à la douzième position du classement général. Il abandonne en 1965, puis l'année suivante, et met un terme à ses participations à l'épreuve mancelle, avec une quatorzième place au général pour sa dixième participation.